种子的萌发需要的环境条件是适宜的温度、充足的空气和一定的水分．小明的妈妈把豆子泡在水中，不久大豆就鼓起圆圆的肚子，小明的妈妈又给它们添了一些水，使水分过多，而植物的呼吸作用是吸收的空气中的气态氧（氧气），水太多淹没了一部分种子，被淹没的种子因缺少充足的空气，无法萌发导致死亡后腐烂．

故答案为：（原因）水太多淹没了一部分种子，被淹没的种子因缺少充足的空气，无法呼吸导致死亡后腐烂．