A、因为在6个数字中，大于3的有4、5、6三个，小于3的有1、2两个，出现的机会不均等，所以正方体六个面分别写1-6．朝上的数大于3，小明赢，小于3，小华赢，游戏规则不公平；

B、因为在6个数字中，双数的有2、4、6三个，单数有你1、3、5三个，出现的机会均等，所以正方体六个面分别写1-6．朝上的数是双数，小明赢，是单数，小华赢，游戏规则公平；

C、正方体的两个面写“1”，四个面写“2”，因为出现的机会不均等，所以1朝上，小明赢，2朝上，小华赢，游戏规则不公平；

故选：B．