参考答案：A

解析：本案原告甲起诉时，被告乙在监狱服刑，根据民诉法第23条规定，此案应当由原告甲的住所地或经常居住地人民法院管辖。根据民诉意见第4条的规定，公民的住所地是指公民的户籍所在地。根据民诉意见第5条规定，公民的经常居住地是指公民离开住所地至起诉时已连续居住1年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。甲在B县虽然居住满1年，但其中有3个月的时间属于住院就医，因此B县不能构成经常居住地。民诉意见第7条的规定，当事人的户籍迁出后尚未落户又没有经常居住地，户籍迁出不足一年的，由其原户籍所在地人民法院管辖。甲虽然办理了迁出手续，但尚未落户，因此C市D区法院无管辖权。只能由原户籍所在地的A县法院管辖。