答案：C

题目分析：本题主要考查学生运用所学知识解决问题的能力，商鞅生活在封建制度开始确立的历史时期，当时新兴的封建制度为封建经济的发展开辟了广阔的道路，农业是自给自足的封建经济的主体，手工业和商业则是补充；而黄宗羲处于明末清初，此时封建制度走向衰落，尽管自给自足的自然经济仍占主导地位，但是商品经济已比较活跃，资本主义萌芽已经产生。社会经济结构的不同，造成了两人经济主张的不同，故答案选C，A D两项说法错误，B项不是其根本原因所在。

点评：“重农抑商”思想在中国古代社会长期占据上风，其原因在于中国是一个以农业为基础的统一国家，农耕经济是中国封建王朝的统治基础而商人则被认为不事生产之人。但明清时期随着中国商品经济的快速发展，代表这中国资本主义萌芽发展的思想破茧而出并日益膨胀。