A、水是由氢、氧两种元素组成的，水是由水分子构成的，所以错误．

B、由于分子间有间隔，酒精分子和水分子可以相互进入对方的间隙，将100mL水与100mL酒精混合，所得体积一定小于200mL，所以错误．

C、将河水变成自来水主要是通过沉淀、过滤、吸附、投药消毒等操作方法，不能除去水中所有可溶性的杂质，而硬水和软水的主要区别在于是否含有较多可溶的钙镁化合物，所以错误．

D、水资源短缺一方面是水的浪费造成的，另一方面是由于水污染造成的，故保护水资源，一要节约用水，二要防止水体污染，所以正确．

故选D．