参考答案：B

解析： 根据我国《票据法》的规定，单位或个人签发空头支票或者签发与其预留的签章不符的支票，不以骗取财物为目的的，由中国人民银行处以票面金额5%但不低于1000元的罚款；持票人有权要求出票人赔偿支票金额2%的赔偿金。按照票面金额应罚款：10000×5%=500元，但罚款额不应低于1000元，所以金融管理部门应对A公司处以1000元的罚款。因此，本题的正确答案为B。