①居民向该水域排放含磷洗涤剂，使水质富营养化，大量植物生长，使水体缺氧，鱼类死亡；

②有大量运输船在水里航行，与鱼类的死亡无关；

③水域中有适量的水草，会为鱼类提供氧气，不会使鱼类死亡；

④上游化工厂向水域排放废水，使水体污染，导致鱼类死亡；

⑤鱼类把水中的氧气消耗光了，是不可能的，故错误；

⑥鱼呼吸时产生的二氧化碳与水反应生成了碳酸，是对的，但它不会使鱼类死亡；

⑦水域沿岸的农民种植作物时施用了大量化肥农药，会污染水体，使鱼类死亡．

就是说鱼类死亡的原因是①④⑦．

故选A．