A、雨水中含有灰尘等，不干净，雨水不是最清洁的水源，故选项说法错误．

B、经常饮用蒸馏水，身体会缺乏人体所需要的矿物质、微量元素，故选项说法错误．

C、农家肥和化肥相比，具有含营养元素多、成本低廉、改良土壤结构、不会造成农田污染等优点，故选项说法错误．

D、废旧电池中含有有毒的重金属等污染物，随意丢弃废电池易造成水土重金属污染，故选项说法正确．

故选D．