参考答案：D

解析：[考点] 船舶碰撞的民事诉讼管辖 《民事诉讼法》第31条规定，因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。选项A镇江既是船舶碰撞发生地，又是加害船舶被扣留地，其地方法院当然有管辖权。选项B南京则是碰撞船舶最先到达地，其地方法院也有管辖权。选项C上海是加害船舶甲货轮的住所地，也就是被告住所地，其地方人民法院也有管辖权。选项D南通是受害船舶乙客轮的住所地，也就是被告住所地，法律没有授予其地方法院管辖权。故正确的选项是D。