参考答案：A

解析： 根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条规定“……联合体各方均应当具备承担招标项目的相应能力；国家有关规定或者招标文件对投标人资格条件有规定的，联合体各方均应当具备规定的相应资格条件。由同一专业的单位组成的联合体，按照资质等级较低的单位确定资质等级……”，能承建工程β的H公司为二级资质企业，其与具有一级资质的A公司组成的联合体(编号Ⅰ)的资质为二级，不符合该项目招标文件中“工程应由具有一级资质的企业承包”的相关规定，为无效投标。
同理，能承建工程β的K公司为二级资质企业，其与具有一级资质的D公司组成的联合体(编号Ⅲ)的资质为二级，不符合该项目招标文件中“工程应由具有一级资质的企业承包”的相关规定，为无效投标。
B、F公司均为一级资质企业，故联合体编号Ⅱ的资质为一级，符合该项目招标文件中“工程应由具有一级资质的企业承包”的相关规定，为有效投标。
同理，E、L公司均为一级资质企业，故联合体编号Ⅳ的资质为一级，符合该项目招标文件中“工程应由具有一级资质的企业承包，工程γ应由具有二级及以上资质的企业承包”的相关规定，为有效投标。
虽然N公司为二级资质企业，其与具有一级资质的G公司组成的联合体(编号Ⅴ)的资质为二级，但其符合该项目招标文件中“工程β和工程应由具有二级及以上资质的企业承包”的相关规定，为有效投标。
C、J、P公司均为一级资质企业，故联合体编号Ⅵ的资质为一级，符合该项目招标文件中“工程应由具有一级资质的企业承包，工程β和工程γ应由具有二级及以上资质的企业承包”的相关规定，为有效投标。
虽然M公司为二级资质企业，其与具有一级资质的I公司组成的联合体(编号Ⅶ)的资质为二级，但其符合该项目招标文件中“工程β和工程γ应由具有二级及以上资质的企业承包”的相关规定，为有效投标。
综上所述，编号为Ⅰ和Ⅲ的投标联合体投标无效；其他编号(即Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ)的投标联合体投标有效。