参考答案：C, E

解析：房屋及设施设备评价参考的主要指标有房屋完好率、危房率和设施设备完好率。房屋完好率是指完好房屋和基本完好房屋的建筑面积之和占房屋总建筑面积的百分比；危房率是指危险房屋的建筑面积占房屋总建筑面积的百分比；设施设备完好率是指完好设施设备的数量占全部设施设备数量的百分比。