答案：A

题目分析：农村自然村的消失是因为农村转变成为城镇，即农村地区转变为城镇地区，与人口的增长（自然增长和机械增长）无关，所以B、D项错。生态环境的恶化可能导致自然村的消失，但与现实不符，C项错误。