答案：D

题目分析：自然村规模扩大说明人数增加快，农村人口减少使得自然村规模减小，，两者都不能导致自然村消失；农村生态环境日趋恶化也不是自然村消失的主要原因，只有城镇化进程处于上升阶段，大量农村人口涌入城镇，使得自然村不断衰落而逐渐消失，故本题选D。