参考答案：B,C,D

解析： 本题考查环境污染损害赔偿的诉讼解决方式。《环境保护法》第四十一条第二款规定：“赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门处理；当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉。”所以甲可以直接以化肥厂为被告提起诉讼，B项正确。环境民事责任的免责事由包括三种情况：由不可抗力造成，并且行为人及时采取了合理措施；受害人过错；第三人过错，故A项错误。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四条的规定，因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。因此，化肥厂须举证证明损害是由甲自己的行为造成的方可免责，C项正确。《环境保护法》第四十二条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为3年，从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算。”污染损害发生在2003年8月，所以甲提起诉讼的最后期限为2006年8月，故D项正确。故选BCD。