参考答案：

（1）根据甲公司实际情况，拟对应付账款设计以下的实质性分析程序：①将甲公司2014年应付账款期末余额与期初余额进行比较，分析波动原因。②分析长期挂账的应付账款，要求甲公司作出解释，判断甲公司是否缺乏偿债能力或利用应付账款隐瞒利润，并注意其是否可能无须支付。对确实无须支付的应付账款的会计处理是否正确，依据是否充分；关注账龄超过3年的大额应付账款在财务报表日后是否偿还，检查偿还记录、单据及披露情况。③计算应付账款与存货的比率，应付账款与流动负债的比率，并与以前年度相关比率对比分析，评价应付账款整体的合理性。④分析存货和营业成本等项目的增减变动，判断应付账款增减变动的合理性。（2）A注册会计师应选择B公司和D公司进行函证。因为应付账款函证对象的确定应当考虑选择那些可能存在较大余额（D公司）或财务报表日金额不大，甚至为零，但为甲公司重要供应商的债权人（B公司）。函证的目的在于查实甲公司有无未入账负债。本年度甲公司从B、D两家公司采购了大量商品，漏记负债错报风险比较高。