参考答案：

解析：(1)该企业是生产性外商投资企业，经营期限10年以上，享受“两免三减牛”优惠。且该企业符合西部地区国家鼓励类外商投资企业的标准，因此“两免三减半”期满后，连续 3年减按15%的税率计征企业所得税。免征地方所得税。
该企业2001年至2005年应缴纳的企业所得税如下：

年度	2001	2002	2003	2004	2005
计税所得额	50	-10	20	-10	40
补亏后的计税所得额	50	-10	10	-10	30
适用税率[减半期税率=30%×(1-50%)=15%]	30%	免税	免税	减半	减半
企业所得税	50×30%=15	免税	免税	亏损	30×15%=4.5

(2)2006年该企业应补(退)的企业所得税：
①股票转让净收益属于财产转让收益，计征企业所得税。因此A股股票转让净收益20万元属于纳税调增项目，计税。
②投资企业分回的股息不再计征企业所得税。
③企业的应付未付款，凡债权人预期2年未要求偿还的，计征企业所得税。
④境外咨询企业与其境内关联企业共同提供咨询业务，服务对象为中国境内客户的，划为境内外商投资企业收入的比例，不得低于该项收入的60%。该企业与境外关联咨询企业共同与境内客户签订合同并提供咨询服务，该企业至少应计入应纳税所得额=50×60%=30(万元)。因此应调增: 30-25=5(万元)
⑤国债利息收入免税。漏记国债利息收入4万元，计税时，无须调整。但是国库券转让收益计税，因此这2万元属于纳税调增项目。
⑥外国投资者从该外商投资企业分得利润免税。因此外国投资者从该企业分得利润10万元，免税。
应纳税所得额=企业利润+纳税调增金额-纳税调减金额
=50+20-5+10+5+2=82(万元)
该企业2006年继续享受15%的税收优惠，因此其缴纳的企业所得税为：
应纳所得税额：应纳税所得额X适用税率=82×15%=12.3(万元)
其2006年已预缴企业所得税=2×4=8(万元)
全年汇算清缴税额=12.3-8=4.3(万元)
(3)该企业应替境外关联咨询企业代扣代缴预提所得税：
2006年其代扣代缴的预提所得税=计税所得额×预提所得税税率
=50×(1-60%)×10%=2(万元)