参考答案：

（1）审计工作底稿中存在的缺陷：①审计工作底稿没有编制人和复核人的签名和日期。②在"一、函证"部分，"消极函证金额"对应的百分比计算错误（应为1%）；"寄发询证函小计"金额相对应的百分比计算错误（应为14%）。③"选定函证但客户不同意函证的应收账款"没有列示金额和百分比；"选择函证的合计"也没有列示金额和百分比。④没有从样本错报结果推断总体错报，因此，形成应收账款得到公允反映的结论是不适当的。⑤没有统计和列示通过积极函证而未回函的16封询证函。（2）针对审计工作底稿中显示的实施函证时遇到的问题和回函结果，A注册会计师应当实施以下审计程序：①对于选定函证而甲公司不同意函证的12笔应收账款，注册会计师应当分析不同意汗蒸是否具有合理的理由，如果有合理的理由，应当实施函证的替代审计程序，即检查与销售业务相关的文件，包括甲公司订购单、销售单、销售合同、发运凭证和销售发票副本等，如果不能实施替代审计程序，应视为审计范围受到限制。②对于通过积极函证方式没有收回的16封询证函，应当考虑与被询证者联系，要求对方作出回应或再次寄发询证函。如果未能得到被询证者的回应，A注册会计师应当实施替代审计程序，即检查与销售业务相关的文件，包括甲公司订购单、销售单或销售合同、发运凭证和销售发票副本等。③对于数据不符的函证结果，应当分析原因，得出样本错报金额，并由样本错报金额推算总体错报金额。