A、流行性感冒、病毒性肝炎、艾滋病、水稻矮缩病、口蹄疫是由病毒引起的，肠炎是由细菌引起的，传染性非典型肺炎是由病毒引起的．不符合题意．

B、鼻炎是由细菌引起的，病毒性肝炎、水稻矮缩病、艾滋病、口蹄疫、鸡瘟、传染性非典型肺炎是由病毒引起的，不符合题意．

C、流行性感冒、病毒性肝炎、艾滋病、口蹄疫、鸡瘟、水稻矮缩病、传染性非典型肺炎都是由病毒引起的．符合题意．

D、关节炎是由细菌引起的，病毒性肝炎、艾滋病、口蹄疫、鸡瘟、水稻矮缩病、传染性非典型肺炎是由病毒引起的．不符合题意．

故选：C