参考答案：C

解析：依据《商标法》第43条规定，商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。经许可使用他人注册商标的，必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。本题中，该商标使用许可合同就整体而言，并不违反法律的强制性规定，故该合同有效，A项正确。但是，该合同中的特别约定"乙厂使用甲厂商标的饮料全部使用甲厂的包装瓶，该包装瓶仅标注甲厂的名称和产地"违反了《商标法》第43条第2款的规定，该特别约定无效。该特别约定误导了消费者，侵犯了消费者的知情权。故BD项正确。