化石是研究生物进化最重要的、比较全面的证据，化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．并不是生物的遗体、遗物或生活痕迹就叫化石，化石是研究生物进化最重要的、比较全面的证据，化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物的进化历程和进化趋势：由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等；而比较解剖学上的同源器官只是证明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先；胚胎学上的证据（如鳃裂）只是说明了古代脊椎动物的原始祖先都生活在水中．这些证据都只是从某一方面来推测生物的进化． 可见选项B符合题意．
故选B．