答案：C

题目分析：考查虚拟语气。本题的关键词是otherwise否则，要不然；是一个含蓄的条件句，句意：在那时候，他忙于写论文，要不然，他会来帮我的。根据句子的at that time在那时，说明本句是与过去事实相反的虚拟语气，故使用“情态动词+have done”的形式。故C正确。

点评：条件句的虚拟语气是考查的重点。如果过去事实相反，条件句中使用过去完成时，主句使用“情态动词+have done”;如果主句与现在事实相反，条件句中使用过去时，be动词使用were,主句中使用“情态动词+动词原形”；如果与将来事实相反，条件句中有三种：过去时；were to do ;should+动词原形，主句使用“情态动词+动词原形”；要特别注意如果省略了if，句子要使用部分倒装的形式，把助动词，be动词，情态动词提之主语前。