在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地下，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的；化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，马是哺乳动物，是动物界中最高等的、最进化的类型，马最原始时就像狐狸那么小，随着时间的推移肢体都有了较大变化，最重要的是挖掘到的化石能够证明这种变化是连续的，因此马化石研究的成果是同种生物从古代到现代的进化的最有力的证据；祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等；而比较解剖学上的同源器官只是证明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先；胚胎学上的证据（如鳃裂）只是说明了古代脊椎动物的原始祖先都生活在水中．这些证据（包括分类学、遗传学上的证据）的证明面都比较窄；种子蕨化石证明了种子植物是由古代的蕨类植物进化来的，种子蕨是蕨类植物向种子植物进化的过渡类型，由此可知，选项B、C、D中证明的是不同种生物的进化，都不符合题意．可见A符合题意．

故选：A