答案：C

题目分析：每个原子含有1个原子核，一个分子中含有3个原子核说明该分子中含有3个原子．A、一个氟化氢分子含有2个原子，所以该分子含有2个原子核，故A错误．B、一个氨气分子含有4个原子，所以该分子含有4个原子核，故B错误．C、一个水分子含有3个原子，所以该分子含有3个原子核，故C正确．D、一个甲烷分子含有5个原子，所以该分子含有5个原子核，故D错误．     故选C．

点评：本题考查了原子的构成，难度不大，明确原子是由原子核和核外电子构成的．全面的要求考生对原子构成内容的理解与熟练掌握，具有一定的分析力度与考查难度，考生平时应当多注重相关知识的实践练习。