答案：D

句意为“他们本该午饭时到达，但他们的航班推迟了。”will have done将来可以完成；can have done可能做过……吗？表示对过去行为的怀疑，用于疑问句；must have done一定做过某事，表示对过去事情的肯定推测；should have done本来应该做某事，而实际没做。but their flight was delayed这样的结果，说明他们本来该到达却没有到达，因此选D。