比较法是通过观察，分析，找出研究对象的相同点和不同点，它是认识事物的一种基本方法，是研究动物行为的主要方法．亲缘关系越近，生物之间的相似性越大，细胞色素C的氨基酸组成差异越小．

（1）通过上表数据的比较可知：人类与黑猩猩细胞色素C的氨基酸差异数最小是0，因此二者的亲缘关系最近；人类与酵母菌的细胞色素C的氨基酸差异数最大是44，因此亲人类与酵母菌的缘关系最远．

（2）根据氨基酸个数与人类的区别可知，上表中四种动物在进化历程中的地位由低级到高级的顺序：鸡、狗、猕猴、黑猩猩；

（3）DNA双螺旋结构的提出，开启了分子生物学时代．分子生物学使生物大分子的研究进入一个新的阶段，使遗传的研究深入到分子层次，利用细胞色素c研究生物进化的科学属于分子生物；

（4）大多数生物都具有氨基酸组成的细胞色素C，这说明这些生物之间都具有一定的亲缘关系，细胞色素C的氨基酸组成差异越小，表明它们的亲缘关系越近．因此动物植物都具有细胞色素C的事实能够说明动植物有共同的祖先．

故答案为：

（1）黑猩猩；酵母菌；   （2）鸡  狗   猕猴   黑猩猩 （3）D； （4）动植物有共同的祖先．