答案：C

题目分析：CH₄、NH₃、H₂的质子数分别为10，10、2，电子数分别为10，10、2，故A错误；OH^-、F^-、Ne的质子数分别为9、9、10，电子数分别为10、10、10，故B错误；H₃O⁺、NH₄⁺、Na⁺的质子数都是11、电子数都是10，故C正确；O^2-、F^-、Mg²⁺的质子数分别为8、9、12，电子数都是10，故D错误，答案选C。

点评：该题是基础性试题的考查，难度不大。明确质子数和电子数的计算及中性微粒中质子数等于电子数是解答本题的关键，有利于培养学生的逻辑思维能力和发散思维能力。