A、达尔文把在生存斗争中，适者生存、不适者被淘汰的过程叫做自然选择．自然选择过程是一个长期的、缓慢的、连续的过程．由于生存斗争不断地进行，因而自然选择也是不断地进行，通过一代代的生存环境的选择作用，物种变异被定向地向着一个方向积累，于是性状逐渐和原来的祖先不同了，这样，新的物种就形成了．由于生物所在的环境是多种多样的，因此，生物适应环境的方式也是多种多样的，所以，经过自然选择也就形成了生物界的多样性，因此，现代生物进化理论的基础是自然选择说，符合题意．

B、中性学说由日本遗传学家木村资生于1968年提出一种学说，认为由突变产生的等位基因对于物种生存既无利也无害，这些突变在自然选择上是中性的，因此，在分子水平进化中自然选择几乎不起作用，不符合题意．

C、自然发生说认为不洁的衣物会滋生蚤虱，污秽的死水会自生蚊，肮脏的垃圾会自生虫蚁，粪便和腐臭的尸体会自生蝇蛆．总之，生物可以从他们所在的物质元素中自然发生，而没有上代，不符合题意．

D、用进废退学说是法国博物学家拉马克最早提出来的生物进化学说，这个学说的中心论点是：环境变化是物种变化的原因．环境变化了使得生活在这个环境的生物，有的器官由于经常使用而发达，有的器官则由于不用而退化．这些变化了的性状能够遗传下去，也就是说，获得性能够遗传，不符合题意．

故选：A