A、石墨用于制铅笔芯是利用了石墨的物理性质--刻画时容易留下痕迹．故选项错误；

B、稀有气体用于霓虹灯是利用了稀有气体的物理性质--通电时能够发出各种颜色的光．故选项错误；

C、铜线用于制造电线是利用了铜的物理性质--具有良好的导电性．故选项错误；

D、氮气用于制硝酸和化肥是利用了氮气的化学性质--氮气在一定条件下能和其它物质反应生成硝酸和化肥．故选项正确．

故选D．