A、观察法是生物研究中的基本方法，通过肉眼的观察可以了解生物的形态结构的特征和行为方式的特性，因此，比较马与驴在外形上的相同和不同之处是用观察法，A错误．

B、调查是科学探究的常用方法之一．调查时首先要明确调查目的和调查对象，制订合理的调查方案．对调查的结果要进行整理和分析，有时要用数学方法进行统计．想知道一个地区的昆虫种类有多少，最好的科学研究方法是调查法，B正确．

C、实验法是利用特定的器具和材料，通过有目的、有步骤的实验操作和观察、记录分析，发现或验证科学结论，C错误．

D、全部捕杀后清点，破坏生态系统，不合理，D错误．

故选：B