《南京条约》是中国近代第一个不平等条约，使中国的国家主权和领土完整遭到破坏，丧失了独立自主的地位，古老的中国开始被卷进世界资本主义的漩涡。而《马关条约》是继《南京条约》以来最严重的不平等条约，它大大加深了中国的的民族危机。《马关条约》中规定的条款，如清政府割台湾、澎湖列岛给日本，使中国大片领土沦丧，严重破坏了中国的领土主权，还刺激了列强瓜分中国的野心；巨额赔款加深了清政府的财政危机，加重了人民负担，也增强了日本帝国主义侵略中国的实力；开设新的通商口岸便于掠夺财富；允许开办工厂，便利了日本掠夺中国廉价的原料、劳动力，更大规模倾销工业品，等等，这些都是西方列强强加给中国人民的一副沉重枷锁。通过这一条约，西方列强进一步控制了中国，清政府完全成为西方列强统治中国的工具，变成了“洋人的朝廷”。所以，《马关条约》对中国的影响远远超过了《南京条约》的影响。