参考答案：A

解析：所谓污染环境罪是指违反国家规定，排放，倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质，严重污染环境的行为。甲公司明知将生产废料直接倒入河中会因此产生毒气，污染环境，而放任该结果的发生，显然属于违反国家规定，排放和倾倒有毒物质行为。该行为产生的毒气造成上百村民呼吸系统受损，并造成直接经济损失100多万元。显然，甲公司的行为严重污染了环境，构成污染环境罪。