（1）如图生命树：与题中的图比较可知，A是哺乳类，B是蕨类植物，C是被子植物，D是节肢动物

（2）根据脊椎动物的进化历程：古代的鱼类→古代的两栖类→古代的爬行类→古代的鸟类和古代的哺乳类．所以鸟类和哺乳类都是由共同的原始祖先是古代爬行类．

（3）从图中可以看出所有生物之间都存在着或远或近的亲缘关系．

故答案为：（1）、

（2）、爬行类

（3）、亲缘关系