（1）种子植物可分为裸子植物和被子植物．植物⑤银杏属于裸子植物、植物⑥珙桐属于被子植物．裸子植物的种子裸露着，没有果皮包被，没有真正的花，不结果．被子植物的种子的有果皮包被．因此，珙桐与银杏相比较，主要区别是种子外面有无果皮包被．

（2）④扬子鳄是中国特有的一种鳄鱼，是世界上体型最细小的鳄鱼品种之一．它既是古老的，又是现在生存数量非常稀少、世界上濒临灭绝的爬行动物．在扬子鳄身上，至今还可以找到早先恐龙类爬行动物的许多特征．所以，人们称扬子鳄为“活化石”．因此，扬子鳄对于人们研究古代爬行动物的兴衰和研究古地质学和生物的进化，都有重要意义．我国已经把扬子鳄列为国家一类保护动物，严禁捕杀．

（3）在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．其次生物在形成的最初，多是单细胞的，后来慢慢进化出多细胞的生物．

（4）A、生物分类的等级从大到小依次是：界、门、纲、目、科、属、种．3和4的大小颠倒，不符合题意．

B、4鳄鱼属于爬行动物而不是两栖动物，不符合题意．

C、银杏属于裸子植物，裸子植物属于种子植物，种子植物属于植物界，关系反了．不符合题意．

D、霉菌属于多细胞真菌，真菌又分为多细胞真菌和单细胞真菌，真菌属于微生物．符合题意．

故答案为：（1）（种子）没有果皮包被     

（2）④

（3）低等到高等              

（4）D