动物类群[①]是爬行动物，用肺呼吸，体表覆盖着鳞片或甲，体内受精，卵生，体温不恒定；动物类群[②]是哺乳类，其繁殖方式最主要的特征是胎生哺乳．植物类群[③]是被子植物，能产生种子，种子有果皮包被，双受精，用种子繁殖后代，适应环境的能力强；动物类群[④]是两栖动物，幼体用鳃呼吸，成体用肺呼吸，变态发育．

（1）、动物进化历程：原始单细胞动物→无脊椎动物→脊椎动物，脊椎动物进化过程：原始鱼类→原始两栖类→原始爬行类→原始的鸟类、哺乳类．因此鸟类和[②]哺乳类都是由[①]爬行类进化来的．

（2）植物的进化历程：

．因此裸子植物和[③]被子植物植物的共同祖先是蕨类植物．

（3）生物进化的研究方法能多种，其中比较重要的方法之一是比较．科学家通过对不同年代生物化石的纵向比较，在越古老的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越简单，分类地位越低等，水生生物的化石也越多，在距今越近的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越复杂，分类地位越高等，陆生生物的化石也越多．以及对现存生物种类的横向比较等方法，推断出了生物进化的大致历程是：由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的．

故答案为：

（1）哺乳类；爬行类；

（2）被子植物．

（3）生物化石；生物种类