化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，它是生物进化最直接、最有力的证据；比较解剖学上的同源器官证明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先；胚胎学上的证据（如鳃裂）说明了古代脊椎动物的原始祖先都生活在水中，都可以作为生物进化的证据；分类学是研究生物的一种重要方法，但不是生物进化的证据，只是一种研究方法而已．可见D符合题意．

故选：D