图中由1到4表示的是从大到小的从属关系．

表中A、脊椎动物包括鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类等，是并列关系，不符合题意．

B、细胞核中有染色体，染色体由DNA和蛋白质构成，DNA被分成很多小片段，叫基因．四者的关系从大到小依次是1细胞核、2染色体、3DNA、4基因．符合题意．

C、种子包括种皮和胚，胚由胚芽、胚轴、胚根、子叶四部分构成，种皮和胚是并列关系，不符合题意．

D、细菌、真菌、病毒等都属于微生物，因此细菌、真菌、病毒是并列关系，不符合题意．

故选：B