A、食物腐败已经变质，不能再吃说明有新的物质生成，属于化学变化，故A错；

B、水沸腾是由液态变为气态，只是状态发生了变化，属于物理变化，故B正确；

C、天然气燃烧生成了二氧化碳和水，属于化学变化，故C错；

D、牛奶变酸说明有酸性物质生成，属于化学变化，故D错．

故选B．