参考答案：A

解析：用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类或自然分类。传统分类法和数值分类法均以生理生化特征为依据，不涉及细菌大分子物质结构的同源程度。