A、活性炭吸附杂质的过程中没有新物质生成，属于物理变化．故选项错误；

B、过滤雨水的过程中没有新物质生成，属于物理变化．故选项错误；

C、咸菜表面有白色晶体出现的过程中没有新物质生成，属于物理变化．故选项错误；

D、自来水消毒一般用氯气，氯气能和水反应生成次氯酸和盐酸，属于化学变化．故选项正确．

故选D．