（1）小刚将种子①与②设为对照，种子①没有水、种子②有适量的水，唯一不同的变量是水分，目的是探究种子萌发是否需要一定的水分；将种子②有空气与种子③没有空气设为对照，唯一不同的变量是空气，目的是探究种子萌发是否需要充足的空气．

（2）如果探究种子萌发是否需要适宜的温度，变量是温度，其它量相同且适宜，因此应将种子②与种子⑤进行对照．

（3）小刚的实验中只用1粒种子，具有偶然性，实验结果不可靠，因此应增加种子的数量如10粒．因此改进的是改用10粒种子．

故答案为：

（1）水分；空气；

（2）⑤

（3）改用10粒种子