（1）在“探究水对种子萌发的影响”时本实验除水的含量不同以外，其它条件都相同所以，该实验的变量是水．

（2）在进行探究式实验时要设置对照实验，A，组同学设置了对照实验，能够得出正确结论；B组同学没有设置对照实验，不能得出正确的结论．

（3）种子萌发的条件：①自身条件：胚完整而且活着，并有足够的水分、无机盐、淀粉、蛋白质和脂肪等．②外界条件：适量的水分、适宜的温度和充足的空气．就“影响种子萌发的外部条件”除了“探究水对种子萌发的影响”的探究问题，你还能够提出温度是种子萌发的必要条件吗？空气是种子萌发的必要条件吗？（实验是重点的重点））．种子的发芽过程分3个阶段：吸水膨胀、萌发和出苗．有活力的种子，受潮吸水后，开始进行呼吸，蛋白质合成以及其它代谢活动，经过一定时期，种胚突破种皮，露出胚根，这一过程称为种子的萌发．萌发是生命发展的最初阶段，是植物生长过程中最有活力的阶段．目前的研究表明，种子吸水萌发后发生了许多生理代谢变化，主要表现在酶的活化、生成，细胞生理活性的恢复，同时进行着复杂的生化代谢，使种子的营养成分和理化性质发生了重大的变化．
故答案为：（1）水 （2）科学；不科学 （3）能； 种子萌发的条件为：①自身条件：胚完整而且活着，并有足够的水分、无机盐、淀粉、蛋白质和脂肪等．②外界条件：适量的水分、适宜的温度和充足的空气．萌发的过程为：有活力的种子，受潮吸水后，开始进行呼吸，蛋白质合成以及其它代谢活动，经过一定时期，胚突破种皮，露出胚根，胚根发育成根，胚轴发育成连接根和茎的部分，胚芽发育成茎和叶．