A、混合物是由两种或两种以上物质组成的，纯净物是由一种物质组成的，所以混合物和纯净物是并列关系，故A错误；

B、含有两种或两种以上元素的纯净物是化合物，化合物分为无机物和有机物，所以化合物包含有机物，故B错误；

C、只含一种元素的纯净物是单质，含有两种或两种以上元素的纯净物是化合物，所以单质和化合物是并列关系，故C错误；

D、只含一种元素的纯净物是单质，单质分为金属单质和非金属单质，所以单质包含金属，故D正确．

故选D．