A、白磷自燃的过程中白磷燃烧有新物质五氧化二磷生成，属于化学变化．

B、面粉发酵的过程中有新物质生成，属于化学变化．

C、绿色植物光合作用的过程中有新物质氧气等生成，属于化学变化．

D、在磨刀石上磨去菜刀上的铁锈的过程中只是将铁锈与菜刀分离，没有新物质生成，属于物理变化．

故选D．