物理变化是指变化时没有生成其它物质的变化，化学变化是指变化时都生成了其它物质的变化．

A、苹果腐烂时有新物质生成，是化学变化，所以错误．

B、蜡烛熔化是石蜡由固体变成液体，没有生成新物质，是物理变化，所以正确．

C、生物呼吸是缓慢氧化的过程，是有机物与氧气反应生成其它物质的过程，属于化学变化，所以错误．

D、白磷自燃是磷与氧气反应生成了五氧化二磷，有新物质生成，是化学变化，所以错误．

故选B．