菜豆种子的结构包括：种皮和胚，胚包括胚根、胚芽、胚轴、子叶等结构．其中，种皮起保护种子内部结构的作用．胚根最终发育成植物的主根；胚轴最终发育成连接茎和根的部分；胚芽最终发育成植物的茎和叶，豆芽的白嫩部分就是由胚芽发育而来的；子叶中储存着丰富的营养物质．

故选：D