A、一种物质的分子运动到另一种物质的分子的间隔之中，只是分子运动的结果，分子本身没有发生变化，属于物理变化，故A错；

B、分子之间的间隔变小了只是分子之间间隔发生变化，分子本身没变，属于物理变化，故B错；

C、水由液态变为气态，体积膨胀，只是状态发生了变化，没有新物质生成，属于物理变化，故C错；

D、由一种分子构成的物质属于纯净物，分子改变了，由一种分子变成了另一种分子说明由一种物质变成了另一种物质，有新物质生成，属于化学变化，故D正确．

故选D．