答：大米其实是水稻的胚乳部分，在加工的过程中水稻的胚以及种皮和果皮受到损伤；而豆瓣其实是种子胚的子叶部分．

A：种皮的有无对种子的萌发没有影响，只起到一定的保护作用，为错误项．

B：子叶在种子萌发的过程中把营养物质溶于水转运给胚，为错误项．

C：胚乳在种子萌发的过程中把营养物质溶于水转运给胚，为错误项．

D：种子萌发的自身条件包括胚是完整的，而大米和豆瓣在加工的过程中可能是胚受到不同程度的破坏，为正确项．

故选D