大豆种子由种皮和胚两部分组成，胚由胚芽、胚轴、胚根和两片肥大的子叶组成，大豆属于双子叶植物；玉米种子由种皮、胚和胚乳三部分组成，胚由胚芽、胚轴、胚根和一片子叶组成，胚中只有一片子叶，玉米属于单子叶植物．

A、大豆种子和玉米种子都有种皮，故不符合题意．

B、大豆种子和玉米种子的胚中都有胚芽，故不符合题意．

C、大豆种子和玉米种子的胚中也都有胚根，故不符合题意．

D、大豆种子的胚中没有胚乳，而玉米种子的胚中有胚乳，胚乳是玉米种子贮存养料的结构，故符合题意．

故选：D