A：“人体的体细胞中若多一条21号染色体，将表现为先天愚型”中，先天性愚型是由染色体数目发生改变引起的，染色体属于遗传物质．故此选项不符合题意；

B：“同种番茄栽培在不同的土壤中，所结果实的大小不同”中，番茄果实大小的不同，是由于土壤条件不同引起的，不是由遗传物质决定的．故此选项符合题意；

C：“用高秆抗锈病的水稻与矮秆不抗锈病的水稻杂交，培育出了矮秆抗锈病的品种”中，矮秆抗锈病的品种的培育是两种水稻杂交获得，杂交是基因的重组，基因属于遗传物质．故此选项不符合题意；

D：“一对双眼皮的夫妇，生出一个单眼皮的男孩”中，眼皮的单、双属于相对性状，性状是由基因决定的，基因属于遗传物质．故此选项不符合题意．

故选：B