A、光合作用的过程中植物吸收二氧化碳，释放出氧气，有新物质生成，属于化学变化．

B、高炉炼铁的过程中一氧化碳与铁的化合物反应，有新物质铁、二氧化碳等生成，属于化学变化．

C、蛋白质遇浓硝酸变黄色的过程中浓硝酸与蛋白质发生化学反应，生成黄色新物质，属于化学变化．

D、空气液化制氧的过程中是两用了液态氮和液态氧沸点的不同，分离过程中没有新物质生成，属于物理变化．

故D选项中发生的变化与其他三种变化有本质的区别．

故选D．